Zur Identifizierung von Personen ist der Fingerabdruck als unveränderliches und einmaliges Merkmal nahezu unentbehrlich. Für die Arbeit der Daktyloskopen bedeutet das Automatisierte Fingerabdruck-Identifizierungs-System (AFIS) eine große Erleichterung. Für den polizeilichen Bereich wird das AFIS in Bund und Ländern seit dem 01.12.1993 genutzt. Das AFIS basiert auf der Codierung der anatomischen Merkmale, die im Fingerabdruck abgebildet sind, den sogenannten Minutien - zum Beispiel das Ende oder die Gabelung einer Hautleiste. Das System kann die Minutien nach der Digitalisierung durch Einscannen der Fingerabdruckblätter oder (Tatort-)Spuren automatisch erkennen und mit dem Code der abgespeicherten Fingerspuren vergleichen. Tatverdächtige können schnell identifiziert, Unschuldige entlastet und Tatzusammenhänge aufgedeckt werden. Die Verarbeitung der Fingerabdruckblätter oder Spuren im AFIS erfolgt in vier Arbeitsschritten: der Erfassung der Fingerabdruckblätter oder Spuren, der Qualitätskontrolle, der Recherche und der Verifizierung. Das Ergebnis der Recherche wird jeweils in Form einer Hitliste - geordnet nach Trefferwahrscheinlichkeit - angezeigt. Ein Daktyloskop vergleicht und verifiziert anschließend die digitalisierten Bilder am Bildschirm einer AFIS-Station.
Im BKA werden die von den nationalen und internationalen Dienststellen übersandten Fingerabdruckblätter zentral erfasst und zur Personenidentifizierung recherchiert. Das BKA erhält von den bei erkennungsdienstlichen Maßnahmen angefertigten Fingerabdruck-blättern je eine Ausfertigung.
Die Spurenbearbeitung erfolgt dagegen dezentral bei den 16 Landeskriminalämtern im AFIS-online-Betrieb. Bei Fällen mit originärer Zuständigkeit werden auch Tatortspuren vom Bundeskriminalamt bearbeitet.
Im BKA arbeiten derzeit ca. 90 Daktyloskopen sowie 8 daktyloskopische Sachverständige, die Gutachten vor Gericht vertreten können.
Durchschnittlich werden dem BKA im Laufe eines Monats rund 29.000 Fingerabdruckblätter zur Auswertung übersandt. Gleichzeitig werden auf Grund von datenschutzrechtlichen Bestimmungen Eingaben gelöscht und Fingerabdruckblätter ausgesondert. Die Aufbewahrungsfrist ist deliktabhängig, die Regelaufbewahrungszeit beträgt zehn Jahre. Im Jahr 2012 wurden rund 158.000 Fingerabdruckblätter ausgesondert. Die AFIS Datenbank enthält derzeit rund 2.800.000 Fingerabdruckblätter rund 1.900.000 Handflächenabdrücke rund 400.000 offene (ungelöste) Spuren Bearbeitet werden pro Jahr rund 350.000 Fingerabdruckblätter rund 200.000 Handflächenpaare rund 180.000 Spuren Identifizierungen pro Jahr rund 20.000 Personenidentifizierungen (Fingerabdruckblatt gegen Fingerabdruckblatt) rund 24.000 Spurenidentifizierungen (Spuren, die zum Beispiel an einem Tatort oder auf einem Beweismittel hinterlassen wurden und einer Person zugeordnet werden konnten).